I 1525 blev Bornholm overdraget Lübeck som brugspant, fordi den danske krone skyldte nordtyskerne store beløb, som den ikke kunne betale. Den danske lensmand på Hammershus blev afløst af en tysker, til hvem indbyggerne så skulle betale de normale skatter og afgifter. Endvidere fik lübske købmænd ret til at bosætte sig og drive handel i byerne på samme vilkår som de lokale købmænd. Bornholm hørte formelt stadig til Danmark, men tyskerne overtog alle de indtægter fra øen, som kongen eller ærkebiskoppen i Lund hidtil havde modtaget. For Rønne betød Lübeckernes tilstedeværelse, at handel, fiskeri og landbrug blomstrede og udvidedes. Hvor handel er, kommer handel til. Naturligvis søgte tyskerne at få så store indtægter af øen som muligt, men heri adskilte de sig ikke fra den danske konge, der altid pressede sine provinser for afgifter. Lübeck havde Bornholm som brugspant i 50 år. Mod periodens slutning forsøgte de tyske købmænd at øge deres handel på Rønnekøbmændenes bekostning. Borgerne tog sagen i deres egne hænder og smed lübeckerne ud af boderne, mens de lod greifs,walderne, stralsunderne og andre nordtyske købmænd i fred. 11576 vendte øen helt og fuldt tilbage til kronen. Samtidig stadfæstedes Rønne bys segl, tre torsk i et skjold, hvorover Sct. Nicolaus troner. Med lübeckertidens ophør på Bornholm gik Rønne tilsyneladende i stå. Det skyldtes ikke, at tyskerne havde udsuget øen eller taget initiativet fra Rønnekøbmændene, således at byen stod uden driftige folk, der var kendt med handel. Tværtimod. Rønne var bedre end tidligere skikket til at indtage en handelsmæssig position af betydning i Østersøområdet. Men handelen havde i vidt omfang forladt Østersøen. Handelsruterne i Europa blev i 1500 årene lagt om som følge af Amerikas opdagelse og kendskabet til søvejen til Det fierne Østen syd om Afrika. Hvor tidligere de nordtyske hansestæder og Norditaliens byer havde huset de driftigste handelsfolk i Europa, var initiativet nu overgået til hollænderne. Da sildefiskeriet i Østersøen og Øresund samtidig gav mindre udbytte, måtte følgerne blive følelige for Rønne købstad. Fra 1576 og 300 år frem i tiden udviklede byen sig uhyre langsomt. Befolkningstallet var kun svagt stigende, og når pest hjemsøgte byen, tog det årtier at komme på fode igen.
Tegning fra 1676 tegnet af navigationsdirektør Bagge Wandal, der utvivlsomt ved selvsyn har oplevet Rønne.
Havnen beskyttes af de to undersøiske rev på 700 og 900 m længde. Inden for revene lå stengrunden " Trindelen " , som var en god ankerplads. En stor anløbsbro er anlagt og Øverst i bugten er angivet mange små ' bolværker, hvor fiskerbådene kunne lægge til. Havnen var byens livsnerve, hvor fisk landedes. Men der er ingen tvivl om, at det også har været en vigtig handelshavn for byens købmænd og for hansestæderne. Bagge Wandal har Øverst indtegnet et prospekt af den lille by, som på det tidspunkt vel havde 7800 indbyggere. Centralt i billedet ligger kirken, der i middelalderen var bygget som kapel til sognekirken i Knudsker Tørst i 1300 årene, da Rønne havde fået købstadsrettigheder, blev den en selvstændig sognekirke, som var viet til de søfarendes helgen Sankt Nikolaj. Bebyggelsen samler sig om kirken, men man bemærker, at området til højrefor kirken mod syd kun er i sin vorden for 325 ar siden. Mod nord omkring parallelgaderne Storegade og Grønnegade ligger formentlig den bebyggelse, som hviler oven på det middelalderlige Rønne.