Navnet har sin oprindelse fra en hellig kilde eller en bautasten i området. Første gang man træffer på navnet Helligpeder er i 1570. U. Salchow opgør i sin militærbeskrivelse over Bornholm i 1812-14, at der er "11 Både og én Ege" i havnen. 11911 blev landevejen anlagt og 6-8 familier etablerede sig med fiskeri som hovederhverv. Havnen var opstået ved at lokale fiskere havde lavet en simpel dækmole. I 1870 fik de tilskud til at bygge en rigtig granitsat havn med to bassiner. Havnen har ikke siden ændret form, men er istandsat flere gange efter stormskader. Havnen anvendes ikke længere af erhvervsfiskere, men det er en hyggelig havn for fritids-fiskere og lystsejlere.
Der er opført og bevaret 4 røgerier i Helligpeder. Syd for havnen ligger Peter Finnes røgeri; røgeriskorstenen er opført i starten 1880'erne af E. P. Jespersen og skorstenen er måske den ældste på Bornholm. Denne dobbelte skorsten er primitivt og uregelmæssigt opmuret med lav skorstenspibe, og vidner om manglende erfaring med muring af røgeriskorstene. Peter Finne købte røgeriet i 1909 og hans datter Gerda Finne var kendt som en af Bornholms bedste røgersker. Næste røgeri blev bygget i 1902 af Chr. Wang. Røgeriet er en bindingsværkbygning sammenbygget med en dobbelt skorsten. Det tredje røgeri blev bygget i 1930 tæt ved havnen af Johannes Jørgensen. I dag er det kun en enligt stående skorsten. Valdemar Wang, en søn af Christian Wang, opførte det fjerde og yngste røgeri sammen med en Rutsker f murer. Røgeriets opførtes i 1934 med skorsten med ovn og en tilstødende bygning.
Arbejdet på røgeriet startede tidligt om morgenen, når nattens fangst af sild var blevet bragt til røgeriet. "Så skulle der sættes på den 1. skorsten og røges, mens jeg røgede lavede konen den næste til. Vi kunne røge 3 skorstene, ca. 40-45 kasser på en dag. Vi arbejdede hele dagen, det var ikke meget hvile vi fik". I 1950'erne kom der øgede krav om sanitet og hygiejne i røgerierne. Der skulle være højere til loftet, fliser på væggene, håndvask, træk og slip og personalet skulle gå med hvide kitler, hvilket Wang overfor myndighederne hævdede var en umulighed. Wang lukkede røgeriet i 1953 dels grundet myndigherres krav og dels arbejdets hårde karakter.
I midten af 1950'erne før mekaniseringen af fiskeriet, var der seks fiskekuttere hjemmehørende i Helligpeder. Det var fartøjer på 25-30 fod. Besejlingen af havnen vanskeliggjordes ofte af en for lav vandstand. Fisker Pauli Vang beretter, at bådene ikke så sjældent måtte sejle til Hasle. "Værre var det dog, at vi af og til måtte blive liggende her i vor egen havn ved lavvande, selv om det var godt fiskevejr, og vente på, at vandet skulle stige, så bådene kunne komme ud". Røgeri ejer Valdemar Wang skildrede sit arbejde som fisker fra 1930-50. "Man fiskede fra før solnedgang og kom i havn ved 1-2 tiden om natten. Derefter pillede man sild af og transporterede silden på trillebør til røgeriet, der ligger 300 m NØ for havnen, ofte blev det til fra 3-5 ture. Dernæst skulle garnet hentes på havnen og hænge til tørre, da det var "tvistgarn" og ikke som nu nylon".